No prosseguimento da sua missão, o Gabinete de Acompanhamento de Projetos tem como principais funções:
 

a) Identificar e avaliar oportunidades para promoção de novos projetos e propostas de parcerias, enquadrados pelos objetivos estratégicos da Procuradora-Geral da República e analisar a sua oportunidade, relevância e necessidade de recursos financeiros e humanos;

b) Centralizar informação sobre regras de acesso e funcionamento dos fundos nacionais e internacionais com relevo para as atribuições do Ministério Público;

c) Preparar, em conjunto com as equipas nomeadas para o efeito, as candidaturas a fundos nacionais e comunitários e apoiar a delinear as regras de gestão interna do projeto, que deverá incluir um diretor de projeto, um gestor de projeto e, de acordo com os casos, um comité de acompanhamento e uma ou mais equipas de execução;

d) Acompanhar a execução dos projetos, apoiando as equipas de projeto na sua monitorização;

e) Centralizar os contactos no âmbito do desenvolvimento de projetos envolvendo a Procuradoria-Geral da República, bem como com as entidades responsáveis pelos fundos ou entidades de fiscalização e auditoria;

f) Assegurar a articulação entre as equipas de projeto e os serviços de apoio da Procuradoria-Geral da República, nomeadamente os serviços financeiros e de contabilidade, de recursos humanos e de apoio tecnológico;

g) Informar regularmente a Procuradora-Geral da República do estado dos projetos em curso, o seu grau de execução, eventuais desvios e medidas propostas para os corrigir;

h) Apoiar os órgãos do Ministério Público no planeamento e concretização de novos projetos;

i) Promover a difusão dos resultados dos projetos realizados e, se possível, promover a sua replicação noutras estruturas do Ministério Público.